乳酸菌大體上可分為兩大類。一類是動物源乳酸菌，一類是植物源乳酸菌。因為動物源取自動物，因菌種常處於相對不穩定狀態，其生物功效也較不穩定，且在大量食用時，很容​​易導致人體動物蛋白過敏，即排斥反應。而植物源乳酸菌，因為取自植物易被人體認可，不論攝取多大的量，人體不會產生異體蛋白排斥反應，且植物源乳酸菌比動物源者更具有活力，能比動物源多8倍的數量到達人體小腸內定植，從而發揮其強大而穩定的生物功效。其實普通的乳酸菌，活力極弱，它們只能在相對受限制的環境中存活，一但脫離這些環境，其自身也會遭到滅亡。只有經過特殊工藝處理的乳酸菌才能到達腸道。進入腸內的乳酸菌，必須具備數量多、活力強，才能發揮其生物功效。如何研製出高濃度且活力強的乳酸菌，成為了當今微生學家們追求的夢想。
不一樣的。益生菌指對人體有益的菌。乳酸菌大多存在在酸奶中。乳酸菌只是益生菌的一種。益生菌是指能夠到達人體腸道並產生健康功效的活微生物。